赛菲罗斯的事件已经过去2年了，人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍，但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德，却过着与世隔绝的生活。　　但是，神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时，眼前这个人，只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。　　以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前，文森特不得不再次挥动双枪，保护大家。而世界的英雄，克劳德，能否再次振作，守护这个世界呢？星球故事发生的舞台，由于在FFVII中没有说明是哪颗星球，所以直接用“星球”来称呼。星球有自己的意识，2000多前的古代种人类具有和星球交流的能力。星球利用生命之河的能源制造了4只召唤兽，能消灭对星球有害的物质。杰诺瓦外来星体上的寄生性生物。杰诺娃本不属于最终幻想VII的星球，而是栖息在宇宙中的只能生命体。约2000年前，杰诺娃坠落在诺路斯帕（游戏里的冰雪村附近），给星球带来了可怕的灾难，当时依然大量存在着的古代种畏惧的将其称为“从天而降的灾厄”。杰诺娃性情暴躁，攻击力高，而且十分狡猾。它不会考虑到破坏之后的情况，只会按照本能毁灭自己以外的事物，利用“拟态能力”散播病毒，侵略其他生物。杰诺娃异常顽强的生命力也是其特征之一，即使身体四分五裂，细胞之间也能相互呼应，再生为最初的状态。其他星球一旦被杰诺瓦侵入，就会没被他们吸收，耗尽资源而枯竭。所以当杰诺瓦侵入星球时，古代种人类意识到它的危害，合力将它封印，而古代种人类大部分在战斗中被杰诺瓦侵蚀而死亡，只剩下少部分（在FFVII中只剩下爱莉斯）。杰诺瓦对宿主有超强的修复能力，和萨菲罗斯战斗受重伤的扎克斯和克劳德如果没有注射杰诺瓦细胞，可能就会死去。杰诺娃与星球撞击形成的火山口残留至今，如今人们将其称为“北方大空洞”。生命之河（life stream）星球上生命的来源，分为两部分：意识灵魂部分（思想）和能源部分（身体结构）。星球上的生物死亡后肉体和灵魂回归生命之河，下一个生命的诞生也会从生命之河中取出相应的灵魂部分（思想）和能源部分（身体结构）。由此构成生命的循环不衰。神罗星球上规模庞大的公司，拥有自己的军队。神罗的科学家发现生命之河的能源能够当作资源来用，并将其命名为“魔晃”，于是就有魔晃炉（从生命之河中提取出能源部分而抛弃灵魂部分），并将魔晃用于自己的部队。这样做势必会使生命之河的能源枯竭而造成星球的灭亡，神罗利用魔晃炉吸取的星球生命无法回归到星球，而是被人类所消耗。星球内部的精神能量循环因此而紊乱，星球自身的力量会不断的被削弱，并最终走向灭亡。这种现状鲜为人知，只有一部分研究星命学，对现状保有危机感的人结成了组织，并进行着反神罗活动。战士：神罗的精英士兵。向塔克思选拔出的人才植入杰诺娃的细胞并进行魔晃照射后，身体能力得到人工强化的人即战士。这一过程会令身体产生通常不可能的变化，因此有不少人会陷入异常状态，只有能够忍耐这种变化的人才能成为战士。被选拔的精英士兵根据实力又被分为一级、二级和三级三个级别。级别越高人数也就越少，能够称为最高级别一级的人更是屈指可数。各个级别都会配备相应的制服，只有一级级别的人能够穿个人服装。萨菲罗斯让少年们对战士充满了向往，而克劳德和扎克也都是因为有萨菲罗斯的存在才想要成为战士的。杰诺瓦计划神罗科学家在2000多年前的地成中发现的古代种女性尸体（被杰诺瓦感染，存放在尼布尔海姆的魔晃炉中），将其命名为杰诺瓦。而后在她身上发现的寄生性生物也命名为杰诺瓦（名字相同，概念不一样）。作为“寻找魔晃丰富的约束之地”计划的一环，大约在30年前，由统筹神罗科研部门的加斯特博士启动的项目即为“杰诺娃计划”，计划的目的是人工创造出具有古代种能力的人。基于把北方大空洞中发现的杰诺娃误认为是古代种这一错误观点，研究人员把杰诺娃的细胞植入到普通人的体内，试图借此人工创造出古代种塞特拉。但大多失败（杰诺瓦会和宿主的思想和免疫系统抵抗，会使宿主造成巨大伤害）。研究在位于尼布尔海姆的神罗公馆中进行，由负责人加斯特、宝条和露克雷西亚三人共同启动，中途加斯特提出退出，计划的权利则移交到了宝条手中。后来将杰诺瓦注射进鲁克蕾西娅的胚胎中，生下完美寄生体，也就是萨菲罗斯（免疫系统未形成所以才完美寄生）。而扎克斯和克劳德是重伤时注入杰诺瓦细胞的，因此免疫系统没能抵抗。加斯特博士与杰诺娃计划约2000年前，坠落到星球的杰诺娃几乎令古代种灭绝，但残存下来的人们将它封印在了深深的地下，令其进入了长眠。而唤醒了杰诺娃的，正式加斯特博士所领导的神罗科研部门。约30年前，加斯特发掘出了已然变为僵尸的杰诺娃，并误认为它就是古代种，随机他依据这一观点启动计划。计划进行过程中，研究成员宝条将其同事兼恋人露克雷西亚当成了试验品，通过将杰诺娃细胞植入露克雷西亚体内，从而使新生命诞生了，而那就是萨菲罗斯。加斯特博士意识到多年来自己对杰诺娃的认识是错误的，同时也开始后悔自己进行了不人道的实验，便辞去了神罗的工作。他在发现杰诺娃的冰雪村附近安顿下来，开始独自进行研究。之后他与当地真正的古代种后裔依法璐娜相识，并从她口中了解到了古代种的历史、杰诺娃的拟态能力及兵器等神罗并不知道的事实。渐渐的，加斯特与依法璐娜相爱，于是两人组建了家庭，并有了一名女儿，爱丽丝。但加斯特最终被宝条派人杀害，他的研究成果也全部落入了宝条手中。关于萨菲罗斯露克雷西亚怀孕时，萨菲罗斯便在她的身体里与杰诺娃一起成长着。虽然肉体上他是宝条与露克雷西亚的孩子，但从计划角度看，萨菲罗斯是人工创造的“古代种”杰诺娃，或者说“杰诺娃之子”，同时他还是一个战士。之后量产的普通战士则采用了直接将杰诺娃细胞植入身体健康的成年人身上，再对其进行魔晃照射这一更简单的方法，因此他们的体质与萨菲罗斯完全不同。星痕征侯群为了阻止陨石，爱丽丝发动了白魔法神圣。但由于萨菲罗斯的阻挠，神圣的出现延迟了。因此在星球危机之时，星球内部的生命之流喷涌而出，伴随着神圣一同化解了危机。但是，克劳德打败萨菲罗斯之后，杰诺娃的细胞便随之回到了生命之流。所以在生命之流与神圣巨大的光流进发之时，被击中的人体内也感染了杰诺娃细胞。在人体内部，存在着像生命之流一样的构架，它会自动排除体内的异物。而星痕症候群便是人体在排除杰诺娃细胞或者说是萨菲罗斯基因时所产生的过敏反应。星痕症候群的症状为皮肤上的黑色斑点以及溢出的黑脓，患上的人无法治愈，只能等待死亡。不知情的人以为是星球对人类过去的破坏的惩罚，因而称为“星痕征侯群”。融合与重聚杰诺瓦要想侵蚀整个星球，就要有一个首领（FFVII中的萨菲罗斯）领导其他杰诺瓦个体（感染者）融合，才会对星球构成威胁。由于电影中卡达尤等人不是杰诺瓦（萨菲罗斯用生命之河的能源制造出的武器，具有萨菲罗斯的意识），因而要找到“妈妈”进行重聚（运用力量与杰诺瓦结合，使自己变成真正的杰诺瓦个体）。影片中卡达尤将孩子们带到忘却之都的生命之河，是想增强杰诺瓦的感染力，以便进行聚合。妈妈卡达尤等人所找的妈妈，是感染杰诺瓦古代种女尸的标本（杰诺娃的头部。FFVII中参加融合的杰诺瓦个体被消灭，剩下的就只有克劳德和那个标本。两年前克劳德与萨菲罗斯的战斗中遗失在了北方大空洞，但后来神罗又找到了它，并告诉卡达裘是克劳德将其藏了起来。杰诺娃的头部是融合的关键，因为杰诺娃身体的其他部分在与萨菲罗斯融合后被克劳德打败。，回归到了生命之流，并以细胞形态随着神圣与生命之流的光流侵入到了他人体内。因此对萨菲罗斯复制品来说，只有得到了最后保存下来的比较完整的杰诺娃头部，融合才能完成。而克劳德的意志坚定，不受萨菲罗斯的影响，这也是卡达尤为什么叫他哥哥和背叛者）。爱莉斯在被萨菲罗斯杀害时用魔法与星球交流，因而她死之后仍和星球连接在一起，也就是说爱莉斯的意识就是星球的意识。所以当萨菲罗斯被打败后他的意识消失，卡达尤有自己思考的能力，在听到爱莉斯的呼唤后，因为自己是生命之河的物质，有一种母性的感觉，所以叫她妈妈。克劳德昏迷中叫爱莉斯妈妈，也是因为母性的感觉。从另一方面看，爱莉斯的意识就是星球的意识，爱莉斯代表星球，所以星球上的生物都可以称她为妈妈，因为星球是孕育整个文明的母亲啊！！！古代种很久以前，一个被称为“塞特拉“的种族生活在星球上。古代种神殿，忘却之都等都是其独特文化的印迹。传说，古代种拥有与星球对话、培育星球的能力，他们可以在各地打开生命之流的脉络，令星球的生命循环活化，使星球变得丰饶。杰诺娃从宇宙坠落之时，为了治愈冲击造成的星球创伤，古代种们去了星球北部的尽头—诺路斯帕。但杰诺娃伪装成他们的亲友、并传播病毒，灭绝的危机便向古代种们逼近了。约束之地古代种所向往的圣地—约束之地，相传那里沉睡着至高无上的幸福。约束之地只存在于传说之中，而它究竟存在于何处，是怎样的土地，“至高无上的幸福“是什么，都无从考证。神罗认为，约束之地蕴藏着丰富的魔晃能源，因此让古代种去寻找；萨菲罗斯则将约束之地看成是为转生为神而使用黑魔石的力量源泉。虽然目的不同，但他们都将北方大空洞当成了最理想的场所，认为那里便是约束之地。以为星命学者的假设是，“至高无上的幸福“是指古代种完成自己的使命后进入长眠（即死亡）。由这一观点判断，约束之地应当是所有人死后都将回归的生命之流，也可能是可回归到生命之流的世界任意一处场所，但这两点都无法断言是否正确。因此约束之地的传说依然众说纷纭。白魔法神圣白魔法神圣是在古代种之间流传的唯一能对抗黑魔法陨石的方法。传说，古代种在忘却之都周围有水的祭坛上，佩戴者白魔石祈祷，令自己的意识与星球沟通，之后神圣便会发动。白魔石在古代种之间代代相传，爱丽丝是从母亲依法璐娜那里继承来的，并把它藏在了辫子上的蝴蝶结里。神圣到底拥有怎样的力量，如果没有发动过，便无从得知。唯一流传下来的，便是它能消灭“威胁星球的存在“。(影片开始的那段男声独白有提到)围绕着融合行动的杰诺娃本体30年前发掘出的杰诺娃在尼布尔海姆魔晃炉成为了杰诺娃计划的实验材料。5年前，得知了自己身世的萨菲罗斯夺走了保存在尼布尔海姆魔晃炉中的杰诺娃头部，并与它一起从魔晃炉坠入了生命之流。而残留在魔晃炉中没有头部的杰诺娃则被宝条下令带到了神罗大厦用于萨菲罗斯复制计划的实验。克劳德等人为救出爱丽丝闯入神罗大厦被捕后，融合开始了。融合以保存在神罗大厦里没有头部的杰诺娃为中心进行—但这只是宝条的看法，实际上融合是以北方大空洞为中心开始的。各地的萨菲罗斯复制品依然持续涌向大空洞，而神罗大厦里的杰诺娃也开始行动。它打破容器，杀死神罗的董事长，之后便离开了神罗大厦，向着米德加之外的地区前进。这时，杰诺娃的外貌及声音变为了萨菲罗斯，并一直保持着这一形态。萨菲罗斯复制品5年前，萨菲罗斯带着杰诺娃的头部坠入生命之流后，宝条利用剩下的杰诺娃细胞进行实验的试验品被统称为“萨菲罗斯复制品“。利用这些复制品来正式融合假象的计划被称为”萨菲罗斯复制计划“。萨菲罗斯复制品所接受的实验是被植入从没有头部的杰诺娃身上提取的细胞，之后再进行魔晃照射，与战士的实验方法没有任何区别。两者最大的不同，就是战士是身体能承受住实验的人，不会被细胞水平上的杰诺娃所左右。但复制品却是有可能成为杰诺娃一部分而进行活动的脆弱的人。萨菲罗斯复制实验的实验品是尼布尔海姆村事件的幸存者，而不想战士那样经过严格的选拔，因此其中大多数人都会丧失自我，无法继续正常的生活。萨菲罗斯复制品身上的某个地方会刻着代表实验品编码的纹身，克劳德没有编码是因为他是“失败品“，但他也是萨菲罗斯复制品之一。克劳德之所以会固执的追寻萨菲罗斯，一方面是因为萨菲罗斯毁掉了他的故乡，另一方面则是他并没有意识到的体内的杰诺娃细胞在寻求融合。成功品、失败品精神与肉体都很强的人即使被植入了杰诺娃细胞，也不会受其影响而成为它的傀儡—萨菲罗斯复制品，他们依然会保留有自我意识，并成为超越常人的战士。战士扎克在接受了萨菲罗斯复制计划实验后依然没有成为杰诺娃的傀儡，而是保持着自我意识。相对的，尼布尔海姆村的村民则并不像扎克那么强大，他们变味了萨菲罗斯复制品，成了宝条最好的实验品。而克劳德无论在精神上还是肉体上都要比一般人更弱，他没能成为战士，甚至不能象其他居民一样成为萨菲罗斯复制品，而是精神完全崩溃了。克劳德在米德加与蒂法重逢后，他便以既非萨菲罗斯复制品又非原本人格的人格生活着。而萨菲罗斯本人则是一个非常极端的特例。在得知自己的身世之前，他一直作为传说中的英雄人物活着，5年前，他却踏上了与人类背道而驰的道路。萨菲罗斯并没有被杰诺娃支配，反而掌握着主导权，控制者杰诺娃的行动，从这一点上，就能让人感到萨菲罗斯超乎寻常的强大。魔石与战后社会魔晃能源凝缩为固体形态后即为魔石。自然条件下在魔晃丰富的地区虽然也能够形成天然魔石，但极为稀有，一般流通的魔石都是由神罗人工制造的。传说魔石中凝聚了古代种的知识，这是指魔石令一般人也能够在一定程度上获得古代种与星球对话的知识和能力。魔石的基本用途是战斗，它拥有远远超越历来武器的能力。武器开发公司神罗将魔石作为商品，并亲自参与到战争中，再加上战士的投入，他们轻松终结了大陆上持续多年的战争。发明并独占魔石制造技术的神罗在战后必然会实现独裁，虽然世界迎来了和平，却也在神罗的独裁统治下，渐渐发展到了依赖于魔晃，以牺牲星球及其他生命为代价的时代，直至今日。